２００２年４月、当初、「被爆者援護法」の代替施設として提案され、「屋上屋を造ってどうするのか！」と被爆者団体からも反発も招いた問題の「国立平和祈念館」の工事がようやく完成、そして２００２年８月１日開館され一般への公開が始まりました。    

なお長崎は２００３年７月６日開館されました。

　２００２年４月１５日、周囲の工事用フェンスが撤去され、外観が姿を現し、８月１日に公開されました。
　祈念館は原爆慰霊碑の東側。地上部分には、原爆投下時刻の八時十五分をイメージする時計風のモニュメントがあり、その周囲に、建設工事の際に地中から出てきた瓦礫（がれき）を配しています。
　モニュメント下の地下二階に、中央の円弧部分の地下に、原爆死没者を追悼し、平和について思索する追悼空間が設けられました。高さ八メートル、直径十八メートルの円筒状の吹き抜けで、壁面は原爆投下直後の写真を陶板の凹凸による陰影で表現し、３６０度のパノラマにしてあります。また、原爆死没者は５００８人（遺影４０８１枚分、９２７人分は名前だけー２００２年８月７日現在）が登録されています。入口には「誤った国策により犠牲となった」との文言が記してあります。

写真は２０１３年５月１７日撮影

また、５６５人の被爆体験記と、被爆体験がつづられた図書３０１１冊が集まっていると報じられ、これらはデータベース化していくことになっています。
　地上一階地下二階、延べ約三千平方メートル。建設費は約四十七億円をようしたといいます。本当に「平和」につながる施設になることが出来るか、「休む場所が無い」ということから「語り部」の人から要望もされている施設としても果たして期待に沿うことができるか、注目されます。

２００２年１１月２８日の朝日新聞（長崎版ホームページ）では、入館者が１日平均約１３００人、計１４万２千人にのぼり、原爆死没者の氏名と遺影は６７０３人分、被爆体験記は８万件以上が集まっていると報じられていました。なお場所が判りにくいためか入館者が伸び悩んでいるため、２００３年１２月１８日新たに２箇所、地上表示板が設置されました。